柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常bbb
大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
名侦探柯南剧场版通往天国的倒数计时电影网友评论：
2001的剧场版好过2018的不知多少倍。同样是最终需要利用汽车的冲刺，同样是几个儿童，全片无尿点无槽点，铺垫简洁精美，剧情不复杂但是牵动人心。如果制式化的剧场版出品让青山刚昌的制作团体疲劳并且失去了思考，我建议剧场版就此打住吧。不要再消耗为数不多的铁杆粉的真爱了。第一次劇場版加入黑衣人的電影，不過是個青春愛情故事，步美的愛情嚮往和光彥的堅定心裡，因為如果沒有步美的話，就無法準確的猜到30秒，雖然有殺人懸案，不過推理破案感覺是小兒科，但是黑衣人的加入，炸掉摩天樓，感覺是朝第一集致敬的意思，这部是小学时听同学口述的剧情印象竟特别深，到今天才第一次看。顺便一说，即使柯南二十年才长一岁已经成为了槽都槽不动的梗了，新兰之间的感情依旧还是能让我泪目……【掩面（ps.这部的杀人动机应该可以排到柯南十大扯淡动机前列……）我最喜欢的一部柯南剧场版！大爱！！在我小时候能欣赏到这样勇敢，真挚的动画，对我影响好大啊。希望一直保有小兰等待新一的真心，柯南的勇敢，少年侦探团的真挚。不管现在看柯南觉得多么离谱，还是一直一直爱柯南~~~~~这么多年过去这依然是最喜欢的那部当时看的时候还是小学生就已经泪流满面了???黑衣组织的穿插悬念的设置剧情的进展案件的推理大家之间的感情各方面都是完美当初好多日语都是从这里面学的呢毕竟看过不下十几遍了?刺激！虽然我脑子里数了无数次飞车，小哀掉下去，小哀被抓住，柯南把步美头盔拿下来，柯南把超级球鞋快关打开，柯南把冰柱子给踢掉。。。怎么想都不可能两秒完成哈哈哈哈哈，不过还是挺好看的30秒的游戏。每一粒米都不能浪费。小酒杯连环杀人案。富士山画家假借小酒杯的顺风车杀人。设计精妙。人物又风趣幽默。小五郎的福特野马也完成了速度与激情最近才完成的飞跃大楼动作场面。早期的剧场版真是用心，案件的伏线和穿插的感情戏结合得几乎完美。那时候还是新兰VS柯步，是什么时候变成新兰VS柯哀的呢。PS：坐在喜欢的人身边，心跳一定会乱的吧。说实话柯南每一部剧场版我都已经熟得不能再熟了从最早的计时引爆摩天楼（米花市政厅）到今年这部零的执行人全部都是我的美好回忆而前十部又是经典中的经典柯南的画风现在越来越奇怪了，什么一个足球将人踢晕都是小事了。。。还是以前的好看，有故事有情节，反转和自救推理至少都是正常人能做到的双子塔大厦崩塌前的告白，小兰姐你不害怕吗？害怕啊，但是有柯南在我身边，新一也在等我。从高楼跃下的那一场，为新兰高兴地堕泪。这部才是剧场版中的最高作啊！从孤独中被拯救的灰原，少年侦探团的羁绊，勇敢坚强的小兰和两次飞跃，太精彩了。……
