在地势险峻的山谷腹地,勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥(中川翔子配音)追随传说中的圣剑士克巴路欧(山寺宏一配音)、泰利奇欧(安元洋贵配音)、比利基恩(本田贵子配音)修行,朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯尔迪奥不听三位老师的忠告,贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆(高桥克实饰)发起挑战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻,三位圣剑士出现,为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥落荒而逃,恰巧遇见正在修业旅行中的小智(松本梨香配音)、天桐(宫野真守配音)和艾莉丝(悠木碧配音)一行,而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕…… &nbsaaa
本片为小学馆创立90周年的纪念之作。